Что такое каталог сайтов?

Попытаемся дать определение самостоятельно.
Каталог сайтов — это тематически упорядоченный список ссылок на ресурсы интернет.

Каталог
(англ. web-directory)
Систематизированная и рубрицированная подборка ссылок на интернет-ресурсы с описаниями. Каталоги делятся на специализированные (отраслевые) и общие, а также на региональные, национальные и глобальные.

В отличие от поисковой машины, где индекс создается автоматически, составление каталога - ручная работа по классификации и аннотированию ресурсов. Поэтому обычно в базе каталога меньше сайтов, чем в базе поисковой машины, то есть он уступает ей по покрытию. Каталогами удобно пользоваться, если вы ищете не ответ на конкретный вопрос, а сайты на какую-то тему.

Для использования каталога не обязательно набирать поисковый запрос. По каталогу можно перемещаться с помощью мышки - просто двигаясь ("проваливаясь" на следующий уровень) по дереву категорий. Внутри каждой категории сайты могут быть отсортированы самыми разными способами: по алфавиту, по времени создания, по посещаемости и по авторитетности (цитируемости).

Неопытные пользователи зачастую не отличают каталоги от поисковых машин, поскольку в каталогах обычно можно искать по запросу, только поиск при этом ведется не по всему интернету, а по описаниям ресурсов.

Для чего используют каталоги?

Неопытные пользователи, о которых говорит Яндекс в своей статье, даже и не догадываются о том, что их можно использовать как-то ещё. Да что там говорить, об этом не догадываются даже многие достаточно опытные пользователи...
Все мы когда-то ими были.
Если бы каталоги использовались только по прямому назначению, их было бы на несколько порядков меньше.
Второе (а для большинства небольших каталогов — первое) назначение каталогов — это увеличение индекса цитирования и поисковая раскрутка сайтов.
Для владельцев таких каталогов более важно не количество «неопытных посетителей», а количество владельцев других ресурсов, которые заходят на данный каталог с целью занести в него ссылку на свой сайт. Обмен ссылками, особенно необратный, позволяет взаимно повысить рейтинги обменивающихся ресурсов.
В большинстве таких каталогов необходимым условием является установка на добавляемом сайте ответной ссылки.
На некоторых сайтах страницы с такими ссылками превращаются в так называемые помойки.
Другие мудрые мастера делают страницу с ссылками автономной, то есть не ставят на неё ни одной ссылки с разделов своего сайта.
Владелец каталога может принять такой сайт или отказаться в зависимости от принятой политики своего каталога, нужности такого ресурса и собственного настроения.
Бывают также полностью автоматические каталоги, которые сами проверяют наличие обратной ссылки на сайт и другие различные параметры в зависимости от сложности программы.